Город был основан как посёлок в 1886 году на берегу реки Томи, на территории Поломошинской волости Томского уезда Томской губернии Российской Империи.

2 января 1915 года по Указу Императора Николая II началось строительство железной дороги до Кольчугинских каменоугольных копей

С 1923 года по 1925 посёлок Юрга — административный (волостной) центр Юргинской укрупнённой волости Томского уезда РСФСР. Основной орган управления — Юргинский райком РКП(б), который с 1924 года формирует новую административно-территориальную единицу, Юргинский район.

C 1925 по 1930 посёлок Юрга — административный центр Юргинского района Томского округа Сибирского края РСФСР (СССР). В эти годы район испытал на своём населении репрессии периода коллективизации, а также стал одной из территорий формирования Сиблага, части будущего ГУЛАГа. Сюда отправляли в лагеря и лагерные пункты репрессированных в ходе развернувшихся в стране массовых сталинских репрессий.

В 1930—1937 гг. район относился к Западно-Сибирскому краю РСФСР.

В посёлке, кроме объектов Сиблага, действовала паровая мельница, гончарный завод, метеостанция, межколхозная (районная) машинно-тракторная станция, промысловая артель «Роза Люксембург» (в том числе сапожная, кирпичный завод, скотный двор, горшечный завод, цех по производству валенок), станция и ж/д депо Томской железной дороги, отделение связи, маслозавод, крупозавод, пищекомбинат. В райцентре находились центральные конторы колхоза имени Ворошилова и колхоза имени Нариманова. Имелась единственная полная средняя школа. В эти годы близ посёлка разбивается лагерь и казармы Юргинского стрелкового полка 71-й стрелковой дивизии имени Кузбасского пролетариата (штаб в 1938 году располагался в городе Кемерово). Эта дивизия с середины 1930-х гг. имела статус «территориальной дивизии тройного развёртывания», то есть должна была рано или поздно реорганизовываться в три новых дивизии.

 Их стали развёртывать в 1938—1940-х гг. Сама же 71-я сд СибВО была расформирована, окончательно упразднена как единица весной 1941 года. С 1938 года стрелковые дивизии СибВО были переведены на кадровый принцип комплектования. Летом 1938 года Юргинский стрелковый полк стал основой 166-й Томской стрелковой дивизии, которая тогда же была передислоцирована в казармы Южного и Северного городков города Томска (с сохранением юргинской материальной базы и летних юргинских военных лагерей). 166-я дивизия РККА отличится героизмом при защите Москвы в начавшейся Великой Отечественной войне в сражениях с 1-го июля по 10 октября 1941 года.

До 1940 года Юрга была пристанционным посёлком и промышленного значения не имела. Считается, что появившийся в 1943 году «Юргинский машиностроительный завод» сделал Юргу городом; и именно ему принадлежит право называться градообразующим предприятием. Первый этап развития ЮМЗ охватил предвоенные и военные годы. Согласно третьему пятилетнему плану (1938—1942 годы) в восточных регионах страны создавались предприятия-дублёры по ряду отраслей машиностроения, нефтепереработки и химии, чтобы устранить случайные перебои снабжении некоторыми промышленными изделиями предприятий-уникумов. Так Юргинский машиностроительный завод должен был стать дублёром завода «Баррикады» в Сталинграде. В 1943 году Юргинский район, а вместе с ним и заводской посёлок, указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 26 января 1943 года, были переданы из Новосибирской области в состав только что образованной Кемеровской области. Новая область объединила промышленный район Кузбасса.

В 1937 — 1943 годах посёлок Юрга — административный центр Юргинского района Новосибирской области РСФСР (СССР). В 1943 году была вновь образована Кемеровская область и с тех пор район находится в её составе.

В 1949 году получил статус города.

В отличие от большинства городов области, Юрга сразу застраивалась по проектам. Начиная с 1946 года, было составлено семь постепенно совершенствовавшихся генеральных планов. В 1956 году Московской архитектурной мастерской был разработан проект детальной планировки северо-восточной части Юрги, по которому она застраивалась до 1963 года. Последним проектом предусматривалось развитие Юрги как крупного промышленного и культурного центра Кемеровской области. Численность населения Юрги к 1949 году составляла 21 885 человек. В райцентре работало восемь предприятий, самым крупным из которых был машиностроительный завод.

 Город располагал больницей на 85 коек, детскими яслями и детским садом, двумя средними и двумя восьмилетними школами, школой ФЗО, механическим техникумом. Общий жилой фонд составлял 91,4 тысячу квадратных метров, протяжённость улиц 13,7 км. Доходная часть бюджета составляла 8406,0 тысяч рублей; в 1940 году эта цифра составила 2938,2 тысяч рублей. Учитывая уровень промышленного развития, численность населения, а также значение, которое Юрга приобрела в инфраструктуре региона, Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 18 января 1949 года рабочий посёлок Юрга был отнесён к городам районного подчинения, оставаясь при этом центром Юргинского района. В июле 1953 года статус города Юрги был изменён — указом Президиума Верховного Совета РСФСР он был отнесён к городам областного подчинения.

С 1950-х годов начался бурный рост молодого города. Стремительно развивалась городская инфраструктура, ускоренными темпами шло строительство жилья. В 1960—1980-е годы — был пик развития Юрги, период подлинного расцвета города. Устойчивый рост был характерен не только для экономики — позитивные процессы наблюдались в сферах культуры, народного образования, спорта.

Однако с середины 1980-х годов темпы экономического роста в стране стали замедляться, появились первые признаки надвигающегося кризиса. В экономике города все эти тревожные и противоречивые тенденции также нашли своё отражение. За всю полувековую историю город не знал более тяжёлого и противоречивого времени, чем 1990-е годы. Начиная с 1992 года — население Юрги пошло на убыль. Если на 1 января 1992 в городе проживало 94,7 тысяч человек, то в 1999 году насчитывалось всего 87 тысяч юргинцев. Среди уже известных причин — миграция и эмиграция населения, высокая смертность и низкая рождаемость. Например, в 1996 году умерло 1192, а родилось 742 человека. Показатели 1999 года ещё хуже: количество умерших — 1266 человек, родившихся — 721.

C 1991 года город Юрга — районный центр Юргинского района Кемеровской области Российской Федерации.

Муниципальное образование Юрги включено в перечень монопрофильных муниципальных образований Российской Федерации (моногородов) в категорию муниципальных образований с наиболее сложным социально-экономическим положением (в том числе во взаимосвязи с проблемами функционирования градообразующих организаций).